То есть невидно только в стандартном проводнике?
А что через Total Commander? Видно, копирует?
Может, там в именах файлов затесались символы, недопустимые для винды.
GetAttr что показывает?
кхе, то есть когда на флешку заходишь в эту папку, то части файлов нет, а если папку скопировать в другое...