Там проблема в другом.
Давай проясним.
Пользователь запускает из трея, а значит название ярлыка не видит, поэтому не может явно утверждать, что именно он сейчас запускает.
Т.к. лечащая утилита отработала нормально (путь в логе верный), а иконка выглядит, как у IE, предполагаем, что это ярлык от IE.
После запуска ярлыка, открывается Chrome, в адресной строке которого указан полный путь к Internet Explorer, значит путь в ярлыке указан верно,
но открывается он почему то с помощью хрома.
Мое предположение - повреждение ассоциации EXE. Менее вероятное - повреждение ассоциации LNK.
Почему на этот счет нет ничего интересного в логах AVZ / FRST мне неизвестно.
Нужны полные экспорты (например, через MiniRegTool by FarBar):
HKEY_CLASSES_ROOT\exefile
HKEY_CLASSES_ROOT\lnkfile
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\.exe
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\.lnk
Может и где-то еще. В Windows 10 с ассоциациями все еще более запутано.
И я еще для контроля взял бы отчет ярлыков FRST, вдруг там что-то непонятно в трее висит.
Если ничего не выяснится, то лог Process Monitor.
Кстати, та же картина должна повторяться и с ярлыками к другим программам.