Координаты окон хранятся в служебных структурах объектов ядра ОС.
Большинству окон соответствует свой дескриптор (хендл), который назначается при создании окна и существует глобально до момента уничтожения окна или завершения процесса, который владеет им.
Также номер хендла можно получить, перечисляя все окна на рабочем столе.
Это не зависит от того, присутствует ли иконка окна на панели задач и видимое ли окно вообще.
Значения координат можно получить с помощью WinAPI-функции
GetWindowRect (см. структуру
RECT).
Координаты записываются в декартовой системе (X, Y) с отсчётом от левого верхнего угла (точка 0, 0). Значения соотносятся с точками выбранного разрешения экрана. В структуре RECT хранятся как тип данных - LONG (8-байтовое число со знаком), не зависит от системы счисления.
Средствами сценариев Windows, думаю, такую инфу можно получить через Powershell.