Не только системные, но и от некоторого другого софта.
Сама ОС, скорее всего, не отреагирует на это как то особо, а вот источники временных файлов, например - да.
Наверняка вы обратили внимание, что папки эти имеют в свойствах безопасности разные группы пользователей, опять же с разными правами.
Грубо говоря, в обычную папку %tmp% складывается абсолютно весь хлам, а в каталог в папке Windows - нужно больше прав, больше возможностей и привилегий.
И те же настройки безопасности системы (если не выпилены) не позволят до корневого каталога добраться чему попало.
Это не все.
Я не думаю, что вы как то особо выиграете в сроках службы, если будете переносить данные на другой диск.
Так как система производит одновременно гигантское количество операций, которые значительно превосходят количество операций в каталоге windows\temp.
Если необходим быстрый обмен данными, а скорость между дисками подкачает - это уже вопрос производительности.
Можно и дальше поразмышлять.
Возможно возникновение ситуаций, когда какой то софт может некорректно работать, ну и далее можно развивать мысль.