Причин может быть много.
Аварийное отключение,вирус,корявое обновление, оптимизаторы...
Если для вас переустановка это критичиская ситуация, то может имеет смысл приобрести носитель, на который производить бэкап системы?
Проверяют образ по сумме хеш например.
Как проявляется неработоспособность программ?