Гейт - Монитор реального времени. (какие критерии у него не знаю, кроме создания файла на диске и запуска процесса, возможно еще обращение к лежащему на диске файлу системы по каким-то причинам: добавление в поисковый индекс, чистка темпов и проч).
А сканер - сканер по требованию (по сути аналог CureIt с обновляемыми базами).
Возможно они по-разному шифруют файлы при карантине.