Вообще-то эти команды AVbr и использует. И режим восстановления для этого совсем не нужен, если только вы там чего-то не намудрили. А блокирует как раз вирус.
Add. И насколько я понимаю по логу перед запуском утилиты вы не отключили антивирус, хотя про это сказано и в описание утилиты, и в самом начале после запуска утилиты она про это попросила. Как следствие антивирус заблокировал эти команды (и именно поэтому вам пришлось выполнять их из режима восстановления), а как следствие команды отработали с ошибкой и вы получили проблему.
Элементарно повторный запуск утилиты с отключённым антивирусом должен был исправить.