Вы почему-то тщательно скрываете названия программ. Допускаю, что это может быть оправдано.
Моё мнение - любая программа должна быть сделана таким образом, что можно её восстановить на другом профиле, другой системе, другом жестком диске и т.д.
Мало ли что может произойти, железо ломается.
А уж как её настроить - вам должен ответить специалист по именно этой программе. То, что многие файлы после файлового заражения не работают - не новость. Об этом известно и в большинстве инструкций так и сказано, программы желательно переустановить.
Скорее всего это само распаковывающийся архив.